二是流通隐蔽性强，不容易察觉。
医疗器械软件的流通往往不采取单独的形式，也就是说不会有哪个医疗器械经营企业会单独销售医疗器械软件，它们常常是和医疗器械捆绑在一起销售的，所提供的资料中也没有能反映医疗器械软件存在的内容，如果检查人员仅仅查阅资料或到现场查看未在运行的医疗器械，根本不能发现医疗器械软件的存在。只有深入医疗器械使用现场，查看医疗器械是如何操作、运行的，并和操作人员进行交流，才有可能得知该医疗器械有无软件，该软件是用来记录和保存资料的还是用于控制机器、辅助诊断的，即明确使用的软件是需要注册的还是无需注册的。
三是使用监督技术要求高。
本来无产品注册证书的医疗器械软件是很容易监管的，但由于注册证书书写得不规范，导致不能仅凭注册证书上未明确软件这一项来确定使用的软件是未经注册的，给监管带来了难度。另外，软件是电子化的数据，存在于电脑中，只要注册证上标明了软件这一项，它在以后的使用过程中可随意升级换代、随时为程序打补丁，由于缺乏相应的技术监督手段，这些改变又是无法用肉眼查知的，同时又缺乏相应监管设备，所以对此类行为不易察觉，不易监管。
监管对策
一、打造医疗器械软件监管专业队伍，适应监管新形势的需要。
为适应医疗器械软件监管的要求，必须加强医疗器械软件监管专业队伍建设。一方面，对监管人员进行培训，培训的内容包括医疗器械知识、电子知识、英语知识、计算机知识、软件相关知识，以此提高监管人员素质；另一方面，为监管队伍补充新鲜血液，增加一些医疗器械专业和计算机专业毕业的人员。
二、增加医疗器械软件监管硬件设备，将技术监督引入软件监管。
增加医疗器械软件监管硬件设备，比如说用电子技术为医疗器械软件加上类似封签的电子印纹，只要对已审批的软件进行了改动，电子封签就会提示，并且监管人员借助监管硬件设备就能接收到此信息。这样的话就能有效对擅自更改、打补丁、升级软件的行为进行监管，从技术层面杜绝擅自升级这种行为。
三、规范医疗器械软件审批注册，使监管有据可凭。
在注册证上明确医疗器械软件的生产厂家、名称、版本号、作用范围等详细信息，特别是对那些和医疗器械一并审批的软件，一定要在注册证上反映出是否有软件注册信息，使得在医疗器械监督管理中，注册证能起到很好的依据作用。
四、加强对医疗器械生产、经营单位的检查力度，从源头上杜绝违法行为。
加大对医疗器械生产、经营单位的检查力度，重点查看其生产、经营的医疗器械是否附带有软件，如附带有软件的话，要明确该附带的软件是否需要注册，如需注册的是否已经注册等等；另外，对医疗器械生产企业是否对软件未经审批进行升级进行检查，因为软件升级会以不同的版本号来区别，以此可看出软件是否升级；对经营企业，查其是否自行或委托他人生产医疗器械软件，并和医疗器械一起销售给用户。
五、加大对医疗器械使用单位的检查力度，对有软件的器械进行重点监管。
加大对使用单位的监督检查力度，深入医疗器械使用现场，查看医疗器械的使用方法，并和使用该器械的医生交流，重点查看使用中的医疗器械是否使用软件进行操作，并及时用行政监督和技术监督手段对所使用的软件进行有效监管，看其是否注册，是否存在擅自升级、擅自更改的行为。
六、健全医疗器械生产、经营、使用单位的教育、预警制度。
对医疗器械生产、经营单位进行相关法律法规宣传，让他们知道擅自生产软件、擅自更改或升级软件的行为是违法的，是要承担相关法律责任的，督促其自觉守法生产、经营；对医疗机构进行管理培训，让他们明白医疗器械软件是按医疗器械管理的，需要注册，在购进带有软件的医疗器械时要审查它的产品注册证书，看是否经过注册，督促其加强软件管理。